Il calcio a Pisa fece il suo esordio in piazza San Paolo a Ripa d’Arno, dove alcuni ragazzi, cominciarono a giocare con un pallone di stracci e le porte create con i cappotti. Di lì a poco, il 9 aprile 1909, gli stessi giovani studenti fondarono il Pisa Sporting Club. I colori sociali, inizialmente bianco-rossi del gonfalone cittadino, l’anno successivo divennero nero-azzurri, su proposta del segretario-giocatore Ferruccio Giovannini. Intanto in città erano nate altre società calcistiche e il 28 gennaio 1912, in uno scontro epico tra il Pisa Sporting Club e l’Alfea Football Club, fu la prima compagine a imporsi e a guadagnare l’onore di rappresentare la città di Pisa. I giovani ragazzi nerazzurri cominciarono a calcare i campi della toscana, vincendo il titolo regionale nel campionato 1914-15, appena in tempo per la pausa bellica. Il primo dopoguerra fu caratterizzato dall’inaugurazione del nuovo campo dell’Arena Garibaldi (26 ottobre 1919) e dall’ingaggio di un allenatore ungherese, József Ging, che per primo portò in città competenze calcistiche di alto livello. Il Pisa, nel 1921, arrivò a sfiorare un clamoroso scudetto, dopo aver vinto la Coppa Toscana e lo spareggio per il titolo di campione centro-meridionale, a Bologna, vincendo 1-0 contro i cugini livornesi. La finalissima per il titolo italiano fu disputata il 24 luglio 1921 a Torino, ma non bastò una strepitosa prestazione dei nerazzurri: la Pro Vercelli batté il Pisa per 2-1, approfittando del fattore campo, di una direzione di gara molto sfavorevole e dell’infortunio di Gnerucci (costretto ad uscire con la tibia fratturata dopo un grave fallo di gioco). Il Pisa sporse reclamo, che tuttavia fu respinto.
La delusione del mancato scudetto fu l’apice di una parabola discendente che portò il Pisa, alla fine degli anni Venti, a scendere fino in terza serie. Nel frattempo l’Arena Garibaldi, ribattezzata Campo del Littorio, era stata trasformata in un moderno e razionale campo sportivo in grado di accogliere fino a 7.000 spettatori. Seguirono stagioni con esiti alterni fino alla sospensione, dal 1943 al 1946, dovuta alla seconda guerra mondiale. Nella stagione 1947-48 il Pisa concluse la serie B a un punto dal Palermo, con il torneo che non fu omologato per forti sospetti di irregolarità dei rosanero. L’inchiesta fu però archiviata e il Palermo fu promosso proprio ai danni del Pisa. Svanita la prima Serie A a girone unico, nel giro di pochi anni i nerazzurri si ritrovarono nel campionato di IV Serie. Il 5 dicembre 1955, di ritorno dalla trasferta di Fabriano, il pullman che trasportava il Pisa ebbe un incidente nel quale molti giocatori rimasero feriti, quindi impossibilitati a proseguire il campionato. La stagione si concluse con una retrocessione in Promozione, il punto più basso della storia dello Sporting Club. Due anni dopo, Il 2 giugno 1957, nell’ultima giornata di campionato, il Pisa secondo in classifica affrontò il Grosseto capolista; la vittoria per 1-0 concesse ai nerazzurri il meritato ritorno in IV Serie, due anni prima del cinquantenario della società.
Dopo una serie di stagioni a fasi alterne nella stagione 1963-64 fu eletto presidente Giuseppe Donati, che rifondò completamente squadra e società, riportando il Pisa in serie B. La stagione 1967-68 segnò poi l’inaspettata promozione in serie A, arrivata all’ultima giornata. L’occasione fu ghiotta per un rapido rifacimento dello stadio, il cui anello venne quasi totalmente completato. Tuttavia il sogno della massima serie durò solo un anno: il Pisa si dimostrò volenteroso, ma ancora troppo fragile per il grande calcio. Gli anni Settanta videro di nuovo scivolare il Pisa in terza serie, sotto la presidenza Rota: un lungo e difficile periodo con molti problemi societari nonostante lo sforzo degli imprenditori locali fino ad un cambio che segnerà profondamente la storia.
Nel 1978 si aprì una nuova era per il calcio pisano: la società fu acquistata da Romeo Anconetani, che in appena cinque anni riuscì a riportare il Pisa in serie A (13 giugno 1982) dopo 13 anni di attesa. Il periodo di Romeo è stato indiscutibilmente quello più denso di successi, con 6 tornei di Serie A e 9 di Serie B, 2 Mitropa Cup vinte, successi storici contro le “grandi” e tanti ottimi giocatori visti sotto la torre, compresi quelli avversari dei club più prestigiosi della massima serie italiana di calcio. La stagione 1990-91 fu l’ultima nella Massima Serie prima di un lento declino: dopo 3 anonimi campionati di serie B e uno sfortunato spareggio a Salerno contro l’Acireale perso ai calci di rigore, il Pisa sprofondò nuovamente in serie C e pochi mesi dopo fu dichiarato fallito.
Le ceneri del glorioso Sporting Club vennero raccolte dal Pisa Calcio, che dovette però ripartire dal campionato di Eccellenza. Sotto la gestione Gerbi-Posarelli il Pisa riuscì a risalire faticosamente la china fino alla Serie C1, vincendo una Coppa Italia di Serie e sfiorando addirittura la promozione in Cadetteria ma attraversando anche periodi non facili. Nel 2002 l’avvento della gestione Gentili-Mian con la serie B sfiorata subito al primo tentativo (finale playoff persa a Bergamo contro l’Albinoleffe) ma con gli anni seguenti contraddistinti da molte delusioni. Nel 2005 arriva alla Presidenza il perugino Leonardo Covarelli che dopo aver rischiato una clamorosa retrocessione in C2 nella sua prima stagione da Presidente (drammatico spareggio Playout vinto con la Massese), nel 2007 riesce dopo 13 anni di attesa a riportare il Pisa in Cadetteria: l’impresa è firmata dai nerazzurri guidati da Piero Braglia vittoriosi sul Monza in una indimenticabile finale playoff con la gara di ritorno giocata sul prato dell’Arena. L’anno seguente, il Pisa targato Covarelli sembra avviato verso un clamoroso doppio salto con la squadra guidata da mister Ventura che arriva fino alla semifinale Playoff persa nella doppia sfida con il Lecce. Come spesso accade nella storia del Pisa, ad ogni picco raggiunto segue una caduta: l’anno seguente, infatti, il Pisa passa nelle mani dell’imprenditore romano Luca Pomponi e dopo una stagione piena di alti e bassi e soprattutto di problemi sul campo e fuori dal campo retrocede nuovamente in serie C. Un passo indietro che spinge il Pisa Calcio verso il fallimento, il secondo per il sodalizio nerazzurro in appena 14 anni.
Dalle ceneri del Pisa Calcio nasce l’AC Pisa 1909, guidato inizialmente dalla coppia Battini e Camilli, subito protagonista e vittorioso in serie D. In appena 12 mesi, grazie anche ad un ripescaggio, il Pisa si ritrova nuovamente in terza serie e poco dopo passa interamente nelle mani dell’imprenditore pisano Carlo Battini. I nerazzurri raggiungono una finale di Coppa Italia di categoria (sconfitta con lo Spezia) e sfiorando nel 2013 il ritorno in Serie B uscendo sconfitti dalla finale Playoff con il Latina. Dopo varie vicissitudini nel 2015 l’A.C. Pisa passa nuovamente di mano e alla presidenza si insedia Fabrizio Lucchesi che pochi mesi dopo (gennaio 2016) si vede affiancare dall’imprenditore romano Fabio Petroni: le molte difficoltà di gestione non impediscono ai nerazzurri guidati da Gennaro Gattuso di centrare una clamorosa promozione in serie B al termine di una finale playoff ricca di colpi di scena contro il Foggia (giugno 2016). Nella stagione successiva però i problemi extra-campo rischiano addirittura di far fallire in corsa il Pisa che cerca di difendersi onerevolmente nel difficile campionato Cadetto. La città chiede a gran voce un cambio di proprietà per evitare il terzo, tragico, fallimento e dopo una estenuante e complicatissima trattativa i sogni di tutta la tifoseria vengono esauditi.
Nel dicembre 2016, infatti, il Pisa viene acquistato dalla Ma.Gi.Co Pisa capitanata dal dottor Enzo Ricci e dalla famiglia Corrado. Purtroppo il destino del Pisa è segnato dagli eventi e la squadra alla fine della stagione ritorna in Serie C. La società nerazzurra, rinforzata anche dall’arrivo della famiglia Paletti e riappropriatasi anche della denominazione originaria, si riorganizza e dopo aver sfiorato la promozione subito al primo colpo, riesce nell’impresa l’anno seguente al termine di una stagione da record: il sogno si concretizza il 9 giugno 2019 sul campo della Triestina di fronte a migliaia di tifosi nerazzurri in estasi. L’anno seguente la squadra si disimpegna egregiamente nel campionato Cadetto conquistando la salvezza con largo anticipo e sfiorando addirittura i Playoff rimanendo fuori dal lotto delle pretendenti alla Serie A soltanto per la differenza reti nella classifica avulsa. Il Pisa esce dunque positivamente da un anno difficile, condizionato dalla pandemia da Covid-19 e riparte di slancio e con molte ambizioni.
Nel gennaio 2021 per il Pisa si aprono nuove ed entusiasmanti prospettive. La maggioranza delle quote societarie passa nelle mani di Alexander Knaster, imprenditore dal respiro internazionale e primo straniero alla guida del sodalizio nerazzurro. Assieme a lui rimane la famiglia Corrado per portare avanti la progettualità già in stadio di avanzamento e per completare gli importanti progetti legati alla ristrutturazione dell’Arena e alla realizzazione di un centro sportivo multifunzione.